進入1930-1940年代，影響中國教會發展的外部因素，主要是日本軍國主義在亞太地區的擴張，以及二戰結束後共產主義國家與資本主義國家之間對抗的冷戰及熱戰格局。因此，連綿不斷的戰爭（日本侵略中國、太平洋戰爭以及國共內戰）為中國教會帶來了極大挑戰。
1931-1945年，日本先後佔領了中國東北地區、華北地區與華中地區，日本軍國主義的擴張對中國教會帶來挑戰。淪陷區的中國教會，除了遭受戰火的直接破壞，另一個重大挑戰是來自日本及日本所扶植政權的管制與同化。在日本的扶持與脅迫下，滿洲基督教聯合會、華北中華基督教團，以及南京的華中基督教團先後成立，令中國教會的組織運作、教義教導與人事安排，在不同程度上失去了獨立性與自主性。1941年12月太平洋戰爭爆發，同盟國的宣教士或從中國撤離，或被日軍關進集中營，這使淪陷區中國教會的處境更加艱難。不過中國教會失去宣教士的幫助，客觀上卻幫助了中國教會走向自立。
1938年日本在中國華東地區的軍事進攻，迫使中華民國政府將首都從南京遷往西南邊疆的重慶。隨著政治中心的西遷，中國的經濟、工業、教育資源，以及基督教也持續性的向西部邊疆遷移。日本侵佔中國沿海一帶並實行殖民統治，對沿海教會而言是一種推力；而國民政府往中國西部遷移，對沿海教會而言又是一種拉力。在這兩股力量的主導下，沿海的中國教會也開始向西遷移。不可忽略的是，較之於外在的推力與拉力，中國教會內部產生的宣教意識與服務精神，是教會開展向西宣教運動與提供社會服務的更重要力量。
1945年日本戰敗投降，中國教會尚沒有充分的時間來反思與重建，就很快爆發持續三年的內戰，戰爭給中國教會帶來持續性挑戰。整體而言，內戰時期的中國基要派教會及其領袖，對未來時局變遷，以及對國家政權、意識形態與宗教政策，並沒有清晰、系統的認識及預備；而中國基督教的社會福音派基於獨特的救恩論以及在人間建立天國的革新理念，選擇與建制的國家力量合作，以至完全融入體制當中。
儘管自1931年九一八事變以來，中國教會面對連綿不斷的戰爭，以及政權的管制與同化，然而這些外在的艱難環境無法限制中國教會的成長。因為從神學立場與屬靈傳統來看，中國自立教會內部在1920-1930年代基本成型的基要主義與五旬節主義，突破1930-40年代戰爭帶來的重重障礙，推動了中國教會保持自立，並開展宣教、培養敬虔的靈命。具體而言，中國教會在戰爭時期有兩個重要的福音復興運動展開：
第一，1930年代末期開始，在國民政府統治地區的大學甚至中學，福音復興運動如火如荼的開展，在戰爭帶來的死亡與苦難中，成千上萬的大學生與中學生歸信受苦的基督。這些歸信的基督徒當中，有相當多的人被神呼召成為全職傳道人。作為復興運動的成果之一，1945年全國各大學基督徒學生聯合會在重慶成立。隨著1945年抗戰勝利，福音運動擴展到中國沿海地區的大學與中學，直到1950年代初期這股福音浪潮才走向低谷。1930-40年代的大學生福音運動，是中國內地會（China Inland Mission）與中國自立教會的同工所領導的福音運動，具有明顯的基要主義神學特色。而這股福音運動，很大程度上扭轉了1920年代知識分子在非基運動時期對基督教的偏見與批判。
第二，隨著國民政府西遷，無論是中國自立教會，或是中西合作建制教會，都開始推動向中國邊疆地區（西部、西北部與西南部）的宣教，在1930-1950年代初，中國教會形成了一股邊疆宣教熱潮。1807年馬禮遜（Robert Morrison, 1782-1834）入華宣教以來，宣教資源多投放在沿海，儘管中國內地會注重西部邊疆的宣教，但整體而言，中國邊疆地區的宣教被忽略了。在1930-40年代的邊疆宣教運動中，中國多元的族群被看見與認識，福音在邊疆地區傳開，教會不斷的建立。
1930-40年代大學生福音運動與邊疆宣教運動，是中國教會走向自立與成熟的重要一步；兩項運動所體現的敬虔主義屬靈傳統，有助於中國教會走過之後的死蔭幽谷；而許多學生與知識分子成為傳道人，為1949年之後的中國教會保存了火種。
撰文：袁浩博士，西三一大學中文神學部及哥倫比亞國際大學中文神學項目的客座教授，研究教會歷史及基督教與中國文化。